L'Organisation XIII est un groupe d'élite composé de 13 membres, tous plus forts les uns que les autres. Homasa, le chef fondateur, cherche à détruire les Sceaux de Desparthia afin que le Chaos ravage les planètes. Il créera ensuite un nouveau monde. Mais personne ne connaît les véritables raisons de ce désir.
Attention: SPOIL
Homasa a rencontré chacun des membres de l'Organisation suite à une prédiction d'Inanna: il devait aller à chacun des Sceaux de Desparthia en formant les contours d'Anthemia.
C'est après les avoir tous rencontrés qu'il a défini leur ordre:
Membres II et III: Wolf et Motoko, car ce sont les plus puissants, et ceux en qui il a le plus confiance. C'est sa garde rapprochée.
Membre IV: Almedha, car il se doute de sa véritable nature et préfère la garder à l'oeil ("Garde tes amis près de toi et tes ennemis encore plus près"). De plus, elle est très puissante également.
Membre V: Altenna, afin de lui faire croire qu'elle a de l'importance pour satisfaire ses ambitions, pour s'assurer qu'elle lui restera fidèle.
Membre VI et VII: Othin et Shadow, tous les deux reliés, car tous deux ayant des liens avec des Sages.
Membres IX et XI: Soma et Himitsu, car, avec Shadow, ce sont trois Gardiens des objets permettant la libération des Dragons. Homasa ne voulait pas qu'ils soient tous les trois à la suite, et comme Shadow était déjà placé, il a mis en conséquence Soma et Himitsu.
Membre VIII: Larxene, car le 8 est une boucle, comme le Chaos. C'est le Chaos qui fait tout se répéter.
Membre X: Xainy, celle qui rejoint l'Organisation XIII pour les mêmes raisons qu'il l'a fondée (la famille bafoue la morale) . Lui est le numéro 1, l'ordre, elle, en tant que simple humaine, doit être un rang en dessous, d'où la présence du 0 derrière le 1, dans le numéro 10.
Membres XII et XIII: Lullaby et Zuma, car ce sont les plus petites.
De plus, plus on a un nombre important, et plus on a d'autorité sur les autres.